Metodické príručky ŠPÚ a UPJŠ (2016) sprevádzajú bádateľským vyučovaním v prírodovednom vzdelávaní od teórie po prax. 

Všeobecná časť A je venovaná teoretickým východiskám a spôsobom hodnotenia. Pozornosť sa zameriava na prácu s prírodovednými predstavami, spôsobilosti vedeckej práce a prítomné sú aj ukážky bádateľských aktivít – potvrdzujúce, riadené, nasmerované a otvorené bádanie.

Cenné informácie prináša kapitola o hodnotení, ktorá odpovedá na otázky a neistoty spojené s hodnotením v bádateľsky orientovanom vyučovaní – ako hodnotiť porozumenie, bádateľské zručnosti a skupinovú spoluprácu?

Časť B pozostáva z troch samostatných príručiek s návrhom aktivít pre biológiu, chémiu a fyziku (3. cyklus). Aktivity pozostávajú z metodiky pre učiteľa a pracovných listov pre žiaka.